В 1825 году отец Моисей принял в свое управление обитель, а отца Антония владыка Филарет утвердил скитоначальником, на место брата. Во иеромонаха он был рукоположен в 1827 году. Теперь все его заботы были о благоустройстве скита – как внешнем, так и внутреннем, братство скита росло, вместе с тем прибавлялось и забот. Отец Антоний стал скитоначальником в тридцатилетнем возрасте, в его подчинении оказались многие иноки, старше его возрастом и занимающие более высокие ступени в монашестве. Но он, несмотря на молодые годы, благодаря своей мудрости и смирению умел обходиться со всеми так, чтобы никого не задеть. Кроме того, сам он являл такой убедительный пример послушания, во всем повинуясь настоятелю, что в его «руководстве» никто не мог увидеть какого-то самочиния и стремления начальствовать.

В начале 1830-х годов братии в Скиту было еще недостаточно. Отец Антоний нес множество послушаний. У него был келейник, который одновременно был также садовником, поваром и хлебопеком, так что скитоначальник сам обслуживал себя. «Как самый бедный бобыль, живу в келье один,— писал он,— сам и по воду, сам и по дрова». Он же сам в основном совершал и богослужения. Благодаря его любви к церковной службе, уставу, богослужения в скитской церкви отличались особым благоговением. Предоставим слово современнику, бывавшему в Предтеченском скиту, когда начальником там был отец Антоний: «Величественный порядок и отражение какой-то неземной красоты во всей скитской обители, часто привлекали детское мое сердце к духовному наслаждению, о котором вспоминаю и теперь с благоговением, и считаю это время лучшим временем моей жизни.

Простота и смирение в братиях, везде строгий порядок и чистота, изобилие самых разнообразных цветов и благоухание их, и вообще какое-то чувство присутствия благодати невольно заставляло забывать все, что есть вне обители этой. В церкви скитской мне случалось бывать преимущественно во время обедни. Здесь уже при самом вступлении, бывало, чувствуешь себя вне мира и превратностей его. С каким умилительным благоговением совершалось священнослужение! И это благоговение отражалось на всех предстоящих до такой степени, что слышался каждый шелест, каждое движение в церкви. Клиросное пение, в котором часто участвовал сам начальник Скита отец Антоний, было тихое, стройное и вместе с тем величественное и правильное, подобного которому после того я нигде уже не слыхал... В пении скитском слышались кротость, смирение, страх Божий и благоговение молитвенное... Что ж сказать о тех вожделеннейших днях, когда священнодействие совершалось самим начальником Скита отцом Антонием? В каждом его движении, в каждом слове и возгласе видны были девственность, кротость, благоговение и вместе с тем святое чувство величия. Подобного священнослужения после того я нигде не встречал, хотя бывал во многих обителях и церквах».

Автору этих воспоминаний вторит и другой современник отца Антония, игумен Антоний (Бочков): «Превосходный чтец и певец, один из лучших уставщиков всего монашества; он был первым украшением Оптинской, особенно скитской церкви, которая стала для него любимым, единственным местом духовной отрады, его первою мыслию, его жизнию. Он соблюдал в ней порядок, ее священный чин, возлюбил ее красоту, чистоту; готов был устами отвевать малейшую пылинку, замеченную им на лице возлюбленного его малого храма, восходившего при нем постепенно в свое благолепие, и срубленного в начале его секирою. Служение девственного старца было истинным богослужением. Весь отдаваясь Духу Утешителю с первого воздеяния рук, он до исхода из храма не принадлежал себе, а кажется, перерождался и соединялся с херувимами, которых изображал втайне пламенным и стройным служением своим. Исходя из церкви для келейной тихой жизни, он становился опять первым рабом старшего брата, безмолвником по любви и по благословению отца».

В бытность отца Антония начальником Скита его насельниками стали будущие знаменитые старцы Леонид и Макарий. И игумен Моисей, и отец Антоний, сами обладавшие немалыми духовными дарами, внутреннее руководство обителью и Скитом передали старцам.

Из жития прп. Антония Оптинского