Отец Агапит был назначен настоятелем Покровского Доброго монастыря, затем Мещевского Георгиевского монастыря. В 1890 году возведен в сан игумена, а в 1896 году — в сан архимандрита.

В 1897 году архимандрит Агапит по состоянию здоровья ушел на покой в Оптинский Иоанно-Предтеченский скит. Основным его занятием в скиту стали духовно-литературные труды. Его перу принадлежит первое подробное «Жизнеописание в Бозе почившего Оптинского старца иеросхимонаха Амвросия» в 2-х частях, а также «Житие молдавского старца Паисия Величковского» и «Жизнеописание Оптинского старца иеросхимонаха Макария».

Однажды отец Агапит пришел к преподобному Амвросию спросить совета: взяться ли ему за составление жизнеописания старца Илариона Троекуровского, о чем просили его монахини, или нет? Старец отец Амвросий на это с ласковой улыбкой ответил: «Возьмись, возьмись, да и поучись, как надо будет писать жизнеописание-то!». А сам все улыбался и улыбался…

«Точно он предвидел, что приведет Господь мне писать его жизнеописание»,— вспоминал потом отец Агапит.

Духовным окормлением отца Агапита пользовались все последние старцы «старой» Оптины: преподобные Варсонофий, Анатолий младший, Нектарий и Никон.

По свидетельству преподобного Нектария, архимандрит Агапит, прозревая грядущие страшные события и будущее разорение обители, решил, что не в силах будет перенести столь тяжкой скорби. Пять лет спустя отец Агапит предсказывал и закрытие Шамординского женского монастыря монахини Амвросии (Оберучевой).

«Архимандрит Агапит — одна из таинственных фигур истории Оптиной,— писала Н. А. Павлович.— Он был исключительно образован (в мирском смысле) и вместе духовно одарен».

О случаях прозорливости отца Агапита и о силе его молитвы сохранились свидетельства знавших его лиц.

Из книги "Оптинский патерик".

Фрагмент жизнеописания схиархимандрита Агапита (Беловидова)